Након очеве смрти, Стефан се вратио у Србију и устоличио као краљ, победивши бројне претенденте на Милутинов престо. Недуго пре тога – верује се да је то чудотворно дело светог Николе – повраћен му је вид. Григорије Цамблак, учени монах, писац Житија Стефана Дечанског, наводи како је овај светитељ и владар имао приказања светог Николе у свим важним тренуцима овоземаљског живота.
Стефанова задужбина, манастир Високи Дечани на Косову, право је ремек-дело средњовековне уметности. Енглески путописац Ивенс назива их „најплеменитијом грађевином на Балканском полуострву”, а Милан Кашанин „круном нашег црквеног градитељства”. По својој славној задужбини, владар је добио и име: Стефан Дечански.
Као младић, Стефан Дечански био је ожењен бугарском принцезом Теодором Смилец. О овој жени не зна се много, иако је била мајка првог српског цара, Душана Силног. У браку са Дечанским, родила је и сина Душица, који је преминуо у Цариграду, за време њиховог изгнанства.
После смрти краљице Теодоре, Стефан Дечански оженио се Маријом Палеолог, ћерком Филипа Таренског, рођаком цара Андроника.
Сматра се да је овај брак склопљен из строго политичких разлога, па је интересантан податак да је млађа ћерка Стефана Дечанског и Марије Палеолог добила име Теодора.
Ради заштите манастира од злих људи, царица Јелена (Душанова жена) поставила је челника Ивоја. Али уместо да брани манастир од насилника и пљачкаша, он је и сам почео да чини насиља и да пљачка манастир. Но убрзо га је стигла казна Светог краља: погинуо је на коњу на очиглед својих наоружаних људи. На место Ивоја буде постављен неки Јунац, који се још горим показао: тукао је монахе а игумана је затворио. Једне ноћи јави му се у сну Свети краљ у страшној визији, од које се насилник толико препао, да је изгубио моћ говора. Кад се пробудио, урлао је као дивља звер. После те визије у току седам недеља са њега је живо месо отпадало, док у највећим мукама није издахнуо.
После Косовског боја (на Видовдан 1389.), Турци су се, као бесни вуци размилели по Србији и почели да харају, пале, чине насиља и убијају. Српски народ напуштао је своје куће и имовину и бежао у шуме и неприступачне кланце, да би спасао голи живот. Маса народа из околине Дечана сабрала се у манастир, под окриље и заштиту Светог краља. Једне суботе народ је испунио манастир, као пчеле кошницу. Настала је тамна ноћ, монаси су се повукли у своје келије и манастиром је завладала тишина. Само жижак у кандилу више кивота Светог краља својом слабом и треперавом светлошћу обасјавао је мрачни простор храма и ликове Светитеља на иконостасу. Ову тишину наруши вика и јако лупање Турака на манастирску капију. Под њиховим притиском капија попусти, и они, као бесни вуци, са урликањем упадоше у манастир, спремни на насиље и клање невиног народа. Али у том часу њихово урликање надјача страшан земљотрес, а на небу почеше да севају муње и праште громови, као да је наступио смак света. Страх обузе и Турке и Србе, и одједном настаде гробна тишина. Црква се испуни силном светлошћу, која се из ње разли по читавом манастиру и његовој околини. Светлост је била тако јака, да се игла могла видети на стотину метара око манастира. У том се отворе црквена врата и на њима се појави Свети краљ, у златном оделу, дуге и беле браде, са крстом у десној руци, те стаде код извора пред црквом. У том тренутку га окружи мноштво витезова са бојним копљима, а један витез на виловиту коњу, са исуканим мачем, стаде са десне стране Светог краља. То је био Милош Обилић. Ово чудо гледаху и Срби и Турци и од страха попадаше на земљу. Свети краљ прекрсти крстом на све четири стране и рече благо: „Идите, грешници, а мене, манастир и мој народ оставите на миру.“ После ових речи визија ишчезе, црквена се врата затворише и светлост угаси. У цркви се зачу дивно појање: „Да васкрсне Бог и расеју се непријатељи његови…“, а Турци као бесомучни побегоше из манастира.
По заузећу Србије, Турци су многе српске цркве претворили у своје џамије, па су то хтели да учине и са дечанском манастирском црквом. За ову сврху доведена је у Дечане силна турска војска и много њихових верских великодостојника са њиховим поглаваром, да би тај чин био што свечанији. Да ово не би изазвало буну околних Срба, Турци су распоредили своју војску око манастира и донели доста муниције, коју су сместили у кулу звонару на великој капији. Главни војсковођа са доглавницима смести се у најбоље одаје конака и онда позва игумана и монахе и предложи им да се потурче; у противном да одмах напусте манастир. Пошто су одбили да се потурче, игуман и братија молили су, преклињали, плакали, обећавали злато, само да Турци оставе манастир на миру, али ништа није помогло. Турци их истераше из манастира и они се повукоше у испоснице у клисури више манастира. Чим су дошли, Турци поставише на кулу звонару над капијом свој полумесец са звездом, као знак потурчења. То су хтели да ставе и на црквено кубе, али због велике висине без скеле то нису могли одмах учинити, па су оставили за доцније. По истеривању калуђера, остао је у манастиру само још Свети краљ на кога Турци нису рачунали.
По договору међу Турцима, обред претварања цркве у џамију имао се започети пред главним улазом у цркву. Цео простор испред цркве застрт је ћилимима. У средини, на почасним местима, налазили су се заповедник војске Татарин и остали великодостојници. За главног верског старешину одређено је место пред главним вратима са јужне стране. Када су трубе и таламбаси огласили почетак свечаности, војска споља радосно јурну унутра и испуни сав простор око цркве. Тада верски старешина поче да клања на свом месту. Али у том часу земља се затресе и фигура лава стражара са јужне стране поред прозора Светог Георгија откину се, паде на главу верског старешине и размрска је. Његова крв и мозак попрскаше све великодостојнике око њега. Истовремено препукну свод паперте, поломише се мермерне плоче међу гробовима Светог краља и Свете Јелене и изби чудан пламен, који моментално обави цркву изнутра и споља и опали Турке који су стајали уза зид црквени. Овим збивањима придружи се и страшна олуја са провалом облака, муњама и громовима. Један гром удари у полумесец на кули, запали муницију у њој и кула се уз страшну експлозију сруши. Са кулом се сруши и краљева палата. Од провале облака Бистрица надође од брда до брда, и заједно са водом која се сјури низ брдо више манастира, преплави манастирску порту и однесе све што јој се нађе на путу. У тој катастрофи, према сачуваном предању, настрадало је мноштво Турака, а војсковођа Татарин се спасао чудним случајем са остатком војске, која се налазила подаље од манастира. Али и он је платио главом, када је бежећи из Дечана улазио у Пећ, где га је по предању убио капетан Лека Дукађинац, из освете због његове намере да дечанску цркву претвори у џамију. Турци су га прогласили за свога „свеца“, ставили му на гроб плочу са натписом, озидали му турбе и палили кандило на његовом гробу. Споменик са натписом уништен је приликом ослобођења ових крајева 1912. године, а турбе се срушило 1926. године.
У једном старом запису на црквеној књизи Прологу из 1620. године, прича се како је неки обесни Турчин Гашли-паша опљачкао манастир, а игумана Захарију тако премлатио, да је трећег дана умро. Али га је убрзо стигла Божја казна и Светог краља: спопала га је тешка бољка, да се сав жив распадао и у највећим мукама умирао и он, и сви они који су тада били са њим.
У Првом светском рату (1914-1918), док је српска војска водила тешку борбу са аустро-угарском војском и повлачила се пред далеко надмоћнијим непријатељима ка југу, Бугари су, по договору са аустро-Угарском и Немачком, напали српску војску с леђа и продирући ка Призрену и Пећи нагнали је у беспутне албанске гудуре. Када су у своме надирању допрли до Дечана, прва брига им је била да опљачкају манастир и мошти Светог краља пренесу у Софију, и тако му се освете за његову победу над њиховим царем Михаилом Шишманом на Велбужду 28. јула 1330. године. Они су плански журили да у Дечане стигну пре аустро-угарске и немачке војске и изврше пљачку, јер по договору између бугарске и аустроугарске владе о подели територије Србије, западни део Јужне Србије (област од Косовске Митровице до Пећи и Ђаковице) имао је да припадне аустро-Угарској. По доласку у Дечане, Бугари су опљачкали манастир, затим у једна кола натоварили четири калуђера (руске народности), у друга мошти Светог краља, а у трећа војничку стражу, па кренули из манастира. Кад су стигли у село Дечане (удаљено 2 км. на путу Пећ-Ђаковица), прва кола са калуђерима продужише за Ђаковицу, а друга, са моштима Светог краља, стадоше на раскрсници и остадоше непокретна. Сва напрезања шофера и његовог помоћника да се кола покрену остала су узалудна. Мноштво народа се било сакупило посматрајући шта се догађа. Срби су плакали, а Арнаути се чудили. Док су се Бугари сатима узалуд мучили, појави се из Пећи аустро-угарска коњичка извидница и у галопу дојури до бугарских кола. Кад је командир извиднице сазнао о чему је ствар, упозорио је Бугаре на савезничку лојалност и наредио да се удаље од Светог краља. Затим је наредио да се кивот са моштима извади из кола и преда Србима да га врате у манастир. Срби са радошћу вратише Светог краља у манастир, а Бугари седоше у кола, чији мотор сад лако упали, и одоше посрамљени. Видећи шта се догодило, један стари Арнаутин, рече сакупљеним Арнаутима: „Видите ли, Свети краљ неће да напусти Дечане. Срби опет долазе. Пазите шта радите!“
Бугари су били у Дечанима 8 дана. За то време један њихов генерал са два војна свештеника посетио је Дечане и том приликом опљачкао најскупоценије предмете из ризнице, међу којима и оригинални модел дечанске цркве од сребра, и купу Краљевића Марка.
По заузећу Дечана у јесен 1915. године, аустријанци су све затечене калуђере интернирали у Мађарску, цркву закључали и кључ предали заповеднику војне страже у манастиру. У манастирским конацима разбашкарила се аустро-угарска војска. За сво време њиховог бављења у манастиру, од краја 1915. године до јесени 1918. године, у манастиру се није служило. То је једини случај у историји манастира када се у њему није служило.
Године 1916. Аустро-угарска влада је издала наредбу да се за ратне потребе (израду оружја и муниције) реквирирају сва црквена звона, метални предмети и оловни кровови са цркава и џамија. Према овој наредби командир војне посаде у Дечанима скинуо је са дечанске куле звонаре 9 звона и послао у Пећ. Потом је наредио војницима да скину оловни кров са цркве. Донесене су високе стубе и усправљене са јужне стране прозора Светог Георгија, на истом месту одакле се откинула фигура лава и убила турског верског старешину, који је хтео да дечанску цркву претвори у џамију. Уза стубе први се попео Фердинанд Кајзер, стао поред прозора и почео да скида оловну оплату са прозора. Један Арнаутин из Дечана, који се ту затекао, видевши шта се ради, рече: „Тешко томе кога Свети краљ удари штапом по глави!“ Само што је он то рекао, а војник који је скидао оловну оплату са прозора заједно са скинутим комадом олова стрмоглави се доле и сав се разбије. Својом крвљу и просутим мозгом попрска мермерне плоче, као онај верски старешина тепихе. Сви присутни препали су се када су видели шта се догоди. А још већи страх уђе у војнике, када им је Арнаутин испричао шта се догодило приликом покушаја претварања цркве у џамију. После сахране погинулог војника, чији је гроб међу боровима више старе цркве Светог Николе, командир нареди војницима да продуже скидање олова са крова. Војници се међу собом погледаше и у мислима споразумеше, па изјавише: „За цара и домовину готови смо мрети у сваком часу, скакати у ватру и воду, али не можемо пружити наше руке против ове цркве, коју чува и брани нека виша сила.“ На ову изјаву официр се намршти, окрену и оде у свој стан. Тако кров оста сачуван.
